Η Εδιάμεση Αξιολόγηση πραγματοποιείται στο επίπεδο του ΚΠΣ και των επιμέρους Επιχειρησιακών Προγραμμάτων στο μέσο της περιόδου υλοποίησής τους, και έχει ουσιαστικά ως στόχο να τροφοδοτήσει το Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης και τα προγράμματα με τις ενδεχόμενες απαραίτητες προσαρμογές και να προσφέρει στοιχεία για την εκτίμηση της απόδοσης των παρεμβάσεων.

Η Ενδιάμεση Αξιολόγηση διεξάγεται υπό την ευθύνη της διαχειριστικής αρχής του κάθε Ε.Π., σε συνεργασία με τη διαχειριστική αρχή του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης και την Eυρωπαϊκή Επιτροπή στα πλαίσια της εταιρικής σχέσης.

Πραγματοποιείται από ανεξάρτητο αξιολογητή και υποβάλλεται στην Επιτροπή Παρακολούθησης του Ε.Π. πριν διαβιβαστεί στην E. Επιτροπή, το αργότερο την 31/12/2003. Οι ανεξάρτητοι αξιολογητές οφείλουν να σεβαστούν, κατά την επεξεργασία, το απόρρητο των δεδομένων παρακολούθησης στα οποία έχουν πρόσβαση. Η δημοσίευση των αποτελεσμάτων της ενδιάμεσης αξιολόγησης απαιτεί την προηγούμενη συμφωνία της Επιτροπής Παρακολούθησης.

Σύμφωνα με το άρθρο 42  παρ. 3  του Καν.(ΕΚ) 1260/99, η Επιτροπή εξετάζει την ορθότητα και την ποιότητα της αξιολόγησης βάσει των κριτηρίων που έχουν εκ των προτέρων συμφωνηθεί με το κράτος μέλος σε εταιρική βάση, ενόψει της αναθεώρησης των παρεμβάσεων και της χορήγησης του αποθεματικού επίδοσης.

Η διενέργεια της Ενδιάμεσης Αξιολόγησης των Ε.Π. του ΚΠΣ 2000-2006, σύμφωνα με τις διατάξεις του Καν. 1260/99, ολοκληρώθηκε στις αρχές του 2004 με την υποβολή και έγκριση 26 εκθέσεων (1 σε επίπεδο ΚΠΣ, 12 για τα Τομεακά ΕΠ και 13 για τα ΠΕΠ).