Η αρχιτεκτονική των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Π.) του ΕΣΠΑ διαμορφώθηκε ώστε να υλοποιηθούν με το βέλτιστο τρόπο οι στρατηγικές επιλογές της χώρας, ενώ λήφθηκαν υπόψη τα νέα δεδομένα της προγραμματικής περιόδου 2007-2013.

Για τη διαμόρφωση του ΕΣΠΑ 2007-2013 ως εγγράφου προγραμματισμού, αξιοποιήθηκαν εισροές από ένα σημαντικό αριθμό προτάσεων που υπεβλήθησαν στο Υπουργείο Οικονομίας & Οικονομικών, κατευθύνσεων - πολιτικών επιλογών σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο και ποσοτικών δεδομένων και μελετών.

Το νέο σχήμα χαρακτηρίζεται από μικρότερο πλήθος Επιχειρησιακών Προγραμμάτων σε σχέση με την προηγούμενη περίοδο 2000-2006, που οδηγεί σε πιο ευέλικτο σχήμα διαχείρισης καθώς ο στρατηγικός σχεδιασμός της χώρας για την περίοδο 2007-2013 θα υλοποιηθεί μέσα από:

• 8 Τομεακά Επιχειρησιακά Προγράμματα
• 5 Περιφερειακά Επιχειρησιακά Προγράμματα, και
• 12 Προγράμματα Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας.

Την περίοδο 2007-2013 το σύνολο των υποδομών προσπελασιμότητας θα υλοποιηθεί πλέον στο πλαίσιο ενός τομεακού Ε.Π., ενώ για τους τομείς της υγείας και του πολιτισμού δεν θα υπάρχει πλέον διακριτό Ε.Π., και οι σχετικές δράσεις θα υλοποιηθούν από Περιφερειακά και Τομεακά Ε.Π.

Οι βασικές αρχές που διέπουν το πλαίσιο διαχείρισης, παρακολούθησης & ελέγχου των Ε.Π. της περιόδου 2007-2013 αποτέλεσαν αντικείμενο ευρείας διαβούλευσης και αποτυπώθηκαν σε κείμενα θέσεων των συμμετεχόντων φορέων.

Συμπληρώθηκαν από τα πορίσματα συστηματικής ανάλυσης των απαιτήσεων των νέων Κανονισμών της Ε.Ε. (Γραμματεία σχεδιασμού του ΕΣΠΑ, ΜΟΔ ΑΕ, ΔΑ ΚΠΣ/ΕΥΣ) και σχετικής μελέτης που εκπονήθηκε για το ΥΠΟΙΟ με θέμα τη «Βελτίωση των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου των Ε.Π. του ΚΠΣ 2000 – 2006, των Κοινοτικών Πρωτοβουλιών και του Ταμείου Συνοχής και στην προσαρμογή αυτών για την περίοδο 2007 – 2013.