Προκειμένου να διασφαλιστεί ότι οι εθνικοί και κοινοτικοί πόροι χρησιμοποιούνται σωστά και αποτελεσματικά για την υλοποίηση των έργων – υποέργων, το ισχύον νομικό πλαίσιο (Κοινοτική και Εθνική Νομοθεσία) έχει ορίσει Όργανα με αρμοδιότητες ελέγχου.

Α. Η Μονάδα Γ΄ (Ελέγχου) της ΕΥΔ ΕΠ ΚτΠ ασκεί πρωτοβάθμιους ελέγχους σε Τελικούς Δικαιούχους (ΤΔ) και έργα που υλοποιούνται στα πλαίσια του Γ΄ ΚΠΣ.

Υποκείμενοι σε έλεγχο είναι:

• Τελικοί Δικαιούχοι
• Τελικοί Αποδέκτες (Ανάδοχοι)

Β. Η Αρχή Πληρωμής ασκεί δευτεροβάθμιους δειγματοληπτικούς ελέγχους στους Τελικούς Δικαιούχους των έργων.

Σκοπός των ελέγχων είναι η εξασφάλιση των χρηματοδοτικών ροών από τα διαρθρωτικά Ταμεία για τα επιχειρησιακά προγράμματα του ΚΠΣ.

Υποκείμενοι σε έλεγχο είναι:

• Διαχειριστική Αρχή
• Τελικοί Δικαιούχοι
• Τελικοί Αποδέκτες

Γ. Η ΕΔΕΛ ασκεί τριτοβάθμιους ελέγχους, με σκοπό την εξασφάλιση της τήρησης των κανόνων χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.

Υποκείμενοι σε έλεγχο είναι:

• Αρχή Πληρωμής
• Διαχειριστική Αρχή
• Τελικός Δικαιούχος
• Τελικοί Αποδέκτες

Πέραν των εθνικών ελεγκτικών οργάνων, έλεγχοι διενεργούνται και από όργανα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Η Επιτροπή ασκεί έλεγχο σε όλα τα μέρη που εμπλέκονται στην υλοποίηση του Γ΄ ΚΠΣ.

Υποκείμενοι σε έλεγχο είναι:

• Αρχή Πληρωμής
• Διαχειριστική Αρχή
• Τελικός Δικαιούχος
• Τελικοί Αποδέκτες

Δημοσιονομικός Έλεγχος στο πλαίσιο του Ε.Π. "ΚτΠ"

Ο Δημοσιονομικός Έλεγχος στο πλαίσιο του Ε.Π. "ΚτΠ" διενεργείται σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στο «Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου Επιχειρησιακών Προγραμμάτων του ΚΠΣ 2000-2006», το οποίο συντάχθηκε στο πλαίσιο της υποχρέωσης της Ελλάδας να τηρήσει τις διατάξεις του Κανονισμού (ΕΚ) αριθ. 438/2001 της Επιτροπής της 2ας Μαρτίου 2001 «για θέσπιση λεπτομερών κανόνων εφαρμογής του κανονισμού (ΕΚ) αριθ. 1260/1999 του Συμβουλίου όσον αφορά το σύστημα διαχείρισης και ελέγχου των παρεμβάσεων των διαρθρωτικών Ταμείων».

Το εν λόγω σύστημα είναι κοινό για όλα τα Επιχειρησιακά Προγράμματα και ενσωματώνει :

• Tις διατάξεις που περιλαμβάνονται στο κανονιστικό πλαίσιο για τα συστήματα διαχείρισης και ελέγχου των κρατών μελών και ειδικότερα στον Κανονισμό (ΕΚ) 1260/1999 και στους Κανονισμούς (ΕΚ) 438/2001 και 448/2001 που τον αναλύουν
• Το θεσμικό πλαίσιο σε εθνικό επίπεδο που διέπει το σύστημα των ελέγχων, δηλαδή:
  • Το Ν.2860/2000 για τη Διαχείριση, παρακολούθηση και Έλεγχο του ΚΠΣ και άλλες διατάξεις
  • Τις διατάξεις εφαρμογής του ΚΠΣ, που εγκρίθηκε με την Απόφαση έγκρισης του ΚΠΣ από την Επιτροπή (Ε(2000) 3450 της 28.11.2000)
  • Τις διατάξεις εφαρμογής του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Κοινωνία της Πληροφορίας», όπως εγκρίθηκε με την Απόφαση της Επιτροπής ( C 2001/551) της 14.03.2001.