Η «Εγνατία Οδός A.E.» δημιουργήθηκε στο πλαίσιο του Β΄ KΠΣ, και είναι Φορέας Υλοποίησης έργων του YΠEXΩΔE με αντικείμενό την ολοκλήρωση της Εγνατίας Οδού και των καθέτων αξόνων της. Η δημιουργία της εταιρείας ήρθε να καλύψει την αδυναμία του υπάρχοντος διοικητικού μηχανισμού στην προώθηση των προγραμματισμένων μεγάλων έργων. Η «Εγνατία Οδός A.E.» είναι εταιρεία του Δημοσίου, που λειτουργεί αυτόνομα, διοικούμενη από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο, που ορίζεται από τον Υπουργό Π.E.X.Ω.Δ.E., ενώ ο Γενικός Διευθυντής προσλαμβάνεται ύστερα από ανοικτό διεθνή διαγωνισμό. Η διαχείριση της κατασκευής του έργου ανατέθηκε σε ειδικό σύμβουλο που ενσωματώθηκε στην εταιρεία, ενώ παράλληλα στελεχώθηκε με Ελληνικό τεχνικό και διοικητικό προσωπικό. Το συνολικό ανθρώπινο δυναμικό για τη διαχείριση του έργου είναι περίπου 320 άτομα.