Η Μονάδα Α είναι υπεύθυνη για την κατάρτιση του Συμπληρώματος Προγραμματισμού και τις προσαρμογές του σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες και όργανα για τον προγραμματισμό και για την υποβολή του στην Επιτροπή Παρακολούθησης Ε.Π. "ΚτΠ".

Επίσης, έχει και τις εξής αρμοδιότητες: Επεξεργάζεται και εισηγείται τα κριτήρια ένταξης των πράξεων στα μέτρα Ε.Π. "ΚτΠ". Συντάσσει την Ετήσια και Τελική Έκθεση του Επιχειρησιακού Προγράμματος και μεριμνά γαι την υποβολή τους στην Επιτροπή Παρακολούθησης, στη Διαχειριστική Αρχή του ΚΠΣ και τη διαβίβαση τους στην Ε.Ε. Οργανώνει και παρακολουθεί την Ενδιάμεση Αξιολόγηση του Ε.Π. "ΚτΠ" σε συνεργασία με την Διαχειριστική Αρχή του ΚΠΣ. Επεξεργάζεται προτάσεις για την αξιοποίηση των αποτελεσμάτων της Ενδιάμεσης Αξιολόγησης. Οργανώνει και παρακολουθεί τη δημοσιότητα του Επιχειρησιακού Προγράμματος σε συνεργασία με την Διαχειριστική Αρχή του ΚΠΣ. Παρακολουθεί την πορεία εφαρμογής του Επιχειρησιακού Προγράμματος στα πλαίσια των κοινωνικοοικονομικών συνθηκών του τομέα, των τεθέντων στόχων και ειδικότερα όσον αφορά στους ποσοτικοποιημένους δείκτες και τις προοπτικές εξέλιξης και εισηγείται μέτρα αναθεώρησης του. Επίσης παρακολουθεί την πρόοδο συναφών με το Ε.Π. "ΚτΠ" έργων άλλων Επιχειρησιακών Προγραμμάτων.

• Συνεργάζεται με την Διαχειριστική Αρχή του ΚΠΣ, την Επιτροπή Παρακολούθησης του Ε.Π. και την Ε.Ε. για την παροχή σε αυτές κάθε πληροφορίας που ζητείται στο πλαίσιο εφαρμογής του Ε.Π. Επίσης μεριμνά για την εφαρμογή και εξειδίκευση όπου απαιτείται των απαραίτητων εργαλείων, προτύπων, και προδιαγραφών για τη σωστή λειτουργία της Διαχειριστικής Αρχής. Επίσης συνεργάζεται με άλλες αρμόδιες υπηρεσίες και δημόσιους φορείς για θέματα του Ε.Π.
• Μεριμνά για την επεξεργασία, εκπόνηση και εισήγηση των θεμάτων σε συνεργασία με τις υπόλοιπες Μονάδες στην Επιτροπή Παρακολούθησης στο πλαίσιο του κανονισμού λειτουργίας της.
• Μεριμνά για την αποστολή στην Ε.Ε. όλων των τυποποιημένων αρχείων (flat files) που προβλέπονται για την ηλεκτρονική διασύνδεση με την Ε.Ε. για το Ε.Π. στο πλαίσιο του προγραμματισμού