Παρόλο που μοιάζουν οι ονομασίες τους, δεν θα πρέπει να συγχέεται η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος "Κοινωνία της Πληροφορίας" (ΕΥΔ Ε.Π. "ΚτΠ") με την "Κοινωνία της Πληροφορίας Α.Ε." (ΚτΠ Α.Ε.).

Υπάρχουν διαφορές στο ρόλο τους στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα "Κοινωνία της Πληροφορίας" (Ε.Π. "ΚτΠ"). Η ΕΥΔ Ε.Π. "ΚτΠ" είναι υπεύθυνη για τη διαχείριση του Ε.Π. "ΚτΠ" ενώ η ΚτΠ Α.Ε. υποστηρίζει (χωρίς αντάλλαγμα) τους φορείς (Τελικούς Δικαιούχους) που υλοποιούν έργα που χρηματοδοτούνται από το Ε.Π. "ΚτΠ" και παράλληλα υλοποιεί έργα για λογαριασμό άλλων φορέων (δηλ. αποτελεί Τελικό Δικαιούχο του Ε.Π. "ΚτΠ").

Αναφορικά με τη νομική τους μορφή, η ΕΥΔ Ε.Π. "ΚτΠ" υπάγεται στην Ειδική Γραμματεία Ψηφιακού Σχεδιασμού του υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών (ΥΠΟΙΚΟ), δηλ. αποτελεί υπηρεσία του ΥΠΟΙΚΟ. Η ΚτΠ Α.Ε. είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου (ΝΠΙΔ) και ειδικότερα ανώνυμη εταιρεία με μοναδικό μέτοχο το Ελληνικό Δημόσιο, εποπτευόμενη από το υπουργείο Εσωτερικών Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης (ΥΠΕΣΔΔΑ).