Η Μονάδα Γ είναι υπεύθυνη για τον έλεγχο των Τελικών Δικαιούχων (ΤΔ) και των Έργων, που χρηματοδοτούνται από το E.Π. "ΚτΠ" με επιτόπιους τακτικούς και έκτακτους ελέγχους.

Ειδικότερα: Πραγματοποιεί επιτόπιους τακτικούς (προγραμματισμένους) και έκτακτους ελέγχους (όταν υπάρχουν σοβαρές ενδείξεις για παρατυπίες), στα έργα του Ε.Π. "ΚτΠ", ελέγχοντας αν τηρήθηκαν οι νόμιμες διαδικασίες κατά το στάδιο υλοποίησής τους, δηλαδή μετά την ένταξή τους στο Ε.Π. και μετά τη γνωστοποίηση ολοκλήρωσής τους από τους ΤΔ. Στους ελέγχους αυτούς ελέγχεται η νομιμότητα και κανονικότητα των δαπανών, η αξιοπιστία των πληροφοριών και οικονομικών στοιχείων που δηλώνονται από τον Τελικό Δικαιούχο (ΤΔ), η τήρηση των όρων της Απόφασης Ένταξης, καθώς και η τήρηση των κανόνων δημοσιότητας. Εφ’ όσον στους παραπάνω ελέγχους διαπιστωθούν σοβαρές παρατυπίες και παραβιάσεις, προχωρεί σε συστάσεις προς τους ΤΔ ή εισηγείται την περικοπή των χρηματοδοτήσεων και, αν απαιτείται, μεριμνά για την επιστροφή ποσών που δεν έπρεπε να έχουν καταβληθεί.

• Αξιολογεί τα αποτελέσματα των ελέγχων και εισηγείται τη λήψη των απαραίτητων μέτρων για βελτίωση του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου και μέτρα για την υποστήριξη των ΤΔ.
• Ενημερώνει την αρμόδια Ελληνική Υπηρεσία με στοιχεία που αφορούν περιπτώσεις παρατυπιών, κατά την εκτέλεση συγχρηματοδοτούμενων έργων, προκειμένου στη συνέχεια τα στοιχεία αυτά να διαβιβαστούν στην Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Καταπολέμησης της Απάτης (OLAF).
• Σε περίπτωση διενέργειας ελέγχου τόσο στην ΕΥΔ όσο και σε ΤΔ και Έργα του Ε.Π. "ΚτΠ", από Εθνικά ή από Κοινοτικά Ελεγκτικά Όργανα, η Μονάδα Γ΄ συντονίζει και μεριμνά για την παροχή των αιτούμενων πληροφοριών και στοιχείων, καθώς και για την παρακολούθηση και τήρηση τυχόν συστάσεων Ελεγκτικών Οργάνων. Στο πλαίσιο αυτό ελέγχει τις λειτουργίες της ΕΥΔ σε σχέση με θέματα που θέτουν η Αρχή Πληρωμής ή η Επιτροπή Δημοσιονομικού Ελέγχου (ΕΔΕΛ) και τα ελεγκτικά Όργανα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.