Η δομή της Ετήσιας Έκθεσης του Ε.Π. «Κοινωνία της Πληροφορίας» για το έτος 2006 βασίστηκε στην υποδεικνυόμενη δομή στο σχετικό έγγραφο εργασίας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (υπ’ αρ. Πρωτ. 159143 / ΕΥΣΑΠΠ 221 / 5 Απριλίου 2002, έγγραφο της Διαχειριστικής Αρχής του ΚΠΣ). Έχουν επίσης ληφθεί υπ’ όψιν οι σχετικές παρατηρήσεις των υπευθύνων της Γενικής Διεύθυνσης Περιφερειακής Πολιτικής της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Η Ετήσια Έκθεση Εκτέλεσης του ΕΠ «ΚτΠ» για το 2006 περιλαμβάνει τις ακόλουθες ενότητες:

• Στο 1ο Κεφάλαιο περιγράφονται συνοπτικά οι γενικές κοινωνικοοικονομικές εξελίξεις οι οποίες επηρεάζουν την υλοποίηση της παρέμβασης, οι μεταβολές των Εθνικών, Περιφερειακών και Τομεακών πολιτικών καθώς και της κατάστασης στον τομέα των νέων τεχνολογιών, που επηρεάζουν της εφαρμογή του Προγράμματος και επιφέρουν ενδεχομένως αλλαγές στους όρους εκτέλεσης του.
• Στο 2ο Κεφάλαιο καταγράφεται η πρόοδος εφαρμογής του ΕΠ ανά Άξονα και Μέτρο. Γίνεται αναφορά στις παρεμβάσεις του ΕΠ για τους ανθρώπινους πόρους. Παρουσιάζονται επίσης καινοτόμα για την ελληνική πραγματικότητα έργα.
• Στο 3ο Κεφάλαιο παρουσιάζεται η δημοσιονομική εκτέλεση του Προγράμματος, με την ανακεφαλαιωτική απεικόνιση σε πίνακα των χρηματοοικονομικών μεγεθών, ως προς τις πραγματοποιηθείσες δαπάνες ανά Άξονα και Μέτρο και σύγκριση μεταξύ της πραγματικής χρηματοδοτικής εκτέλεσης και των αντίστοιχων δεσμεύσεων.
• Στο 4ο Κεφάλαιο αναλύονται τα μέτρα και οι ενέργειες που διασφαλίζουν την ποιότητα και την αποτελεσματικότητα της εφαρμογής του ΕΠ.
• Στο 5ο Κεφάλαιο γίνεται παρουσίαση των μέτρων που διασφαλίζουν την συμβατότητα της εφαρμογής του ΕΠ με τις Κοινοτικές Πολιτικές. Το κείμενο συνοδεύεται από Παράρτημα πινάκων, οι οποίοι απεικονίζουν συγκεντρωτικά τα στοιχεία που αναφέρονται στα επί μέρους κεφάλαια της Έκθεσης.
• Στο 6ο Κεφάλαιο παρουσιάζεται η πρόοδος των μεγάλων έργων του Ε.Π. "Κοινωνία της Πληροφορίας».