Η διαδικασία υλοποίησης του Ε.Π. "ΚτΠ" περιλαμβάνει τη διαδικασία έκδοσης προσκλήσεων έως και τον έλεγχο των έργων (πράξεων). Συγκεκριμένα, περιλαμβάνει τις διαδικασίες Ένταξης και Συμβασιοποίησης Πράξεων, τις διαδικασίες Διαχείρισης Έργων, τις διαδικασίες Χρηματοδότησης Έργων και τις διαδικασίες Ελέγχου Έργων, αλλά και τις ομάδες εργασίες, οι οποίες εξασφαλίζουν τη διαφάνεια κατά την υλοποίηση του Ε.Π. "ΚτΠ".