Για να εκτιμηθεί η αποτελεσματικότητα των διαρθρωτικών παρεμβάσεων της Κοινότητας και για να αναλυθούν οι επιπτώσεις τους σε συγκεκριμένα διαρθρωτικά προβλήματα, διενεργείται αξιολόγηση στο πλαίσιο του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης όλων των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Π. και Π.Ε.Π).

Η αποτελεσματικότητα της δράσης των διαρθρωτικών Ταμείων μετράται συναρτήσει του γενικού αντίκτυπου που έχει στην ενίσχυση της οικονομικής και κοινωνικής συνοχής και του αντίκτυπου που έχουν οι προτεραιότητες που προτείνονται στα επιχειρησιακά προγράμματα και τους άξονες προτεραιότητας του Γ' ΚΠΣ.

Στο πλαίσιο  της Διαχειριστικής Αρχής του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, η αρμόδια διοικητική δομή για το συντονισμό και τη συνολική οργάνωση της αξιολόγησης, τη μέριμνα για την ποιότητα και την ορθότητα των δεδομένων, τη σύνθεση των αποτελεσμάτων σε εθνικό επίπεδο προς ένταξη σε ετήσιες ή ad hoc εκθέσεις, καθώς και την εκτίμηση της ανάδρασης της αξιολόγησης είναι η Μονάδα Β - Σχεδιασμού και Αξιολόγησης της Ειδικής Υπηρεσίας Στρατηγικής, Σχεδιασμού και Αξιολόγησης Αναπτυξιακών Προγραμμάτων (ΕΥΣΣΑΑΠ). Η ΕΥΣΣΑΑΠ αποτελεί επίσης τον συνομιλητή μεταξύ εθνικών και κοινοτικών αρχών στα θέματα της αξιολόγησης.

Η αξιολόγηση διακρίνεται σε:

• Εκ των προτέρων αξιολόγηση (ex ante)
• Ενδιάμεση αξιολόγηση και Ενημέρωση της  Ενδιάμεσης Αξιολόγησης (Έκθεση
• Πρώτου Απολογισμού)
• Εκ των υστέρων αξιολόγηση (ex post)

Οι αρμόδιες αρχές του κράτους μέλους και ιδίως οι διαχειριστικές αρχές και η Επιτροπή, εξοπλίζονται με τα κατάλληλα μέσα και συγκεντρώνουν τα απαραίτητα στοιχεία για την αποτελεσματικότερη διεξαγωγή της αξιολόγησης.