Η Επιτροπή Παρακολούθησης κάθε Επιχειρησιακού Προγράμματος στο Γ' ΚΠΣ έχει ως αποστολή την παρακολούθηση της αποτελεσματικής και ορθής εφαρμογής του. Η Επιτροπή Παρακολούθησης του Ε.Π. "ΚτΠ" συγκροτείται με απόφαση του υπουργού Οικονομίας και Οικονομικών.
Η Ετήσια Έκθεση υποβάλλεται και εγκρίνεται από την οικεία Επιτροπή Παρακολούθησης (ΕπΠα) μέσα στο Α΄ εξάμηνο του επομένου έτους. Στη συνέχεια η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης (Ε.Υ.Δ) αποστέλλει την Ετήσια Έκθεση, βάσει του άρθρου 37 του Κανονισμού ΕΚ 1260/1999, στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Για να εκτιμηθεί η αποτελεσματικότητα των διαρθρωτικών παρεμβάσεων της Κοινότητας και για να αναλυθούν οι επιπτώσεις τους σε συγκεκριμένα διαρθρωτικά προβλήματα, διενεργείται αξιολόγηση στο πλαίσιο του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης όλων των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (Ε.Π. και Π.Ε.Π).